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Update usandoDawrinCore.md
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Eduardo Dalcin
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0756c8aa01
commit
7f3465da9c
@ -1,6 +1,6 @@
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# Usando Arquivos Darwin Core
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> :warning: Este guia é destinado a pesquisadores e demais interessados em utilizar dados publicados no formato Darwin Core Archive em repositórios públicos "IPT". O guia é destinado a usuários sem conhecimentos avançados sobre este tema.
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> ⚠️ Este guia é destinado a pesquisadores e demais interessados em utilizar dados publicados no formato Darwin Core Archive em repositórios públicos "IPT". O guia é destinado a usuários sem conhecimentos avançados sobre este tema.
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Qualquer pesquisador que necessite de dados sobre biodiversidade em seus projetos de pesquisa já ouviu falar de "Darwin Core" (DwC). Não pretendo entrar em detalhes aqui sobre o padrão em si, pois ele é tratado coim mais detalhes aqui nesta publicação da livraria. A ideia aqui é dar uma visão prática, um passo-a-passo de como "baixar", e usar os dados no formato [Darwin Core Archive](https://ipt.gbif.org/manual/en/ipt/latest/dwca-guide) (DwC-A) publicados no [IPT](https://www.gbif.org/ipt) (Integrated Publishing Toolkit).
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@ -48,75 +48,42 @@ Os arquivos ".TXT" contidos dentro do arquivo DwC-A são, na verdade, tabelas re
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O conjunto de arquivos TXT dentro do arquivo "ZIP" do DwC-A pode ser de dois tipos:
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Um conjunto de arquivos sobre ocorrência
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Um conjunto de arquivos sobre espécies
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Um conjunto de arquivos sobre amostragem (não serão tratados neste guia)
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* Um conjunto de arquivos sobre ocorrência
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* Um conjunto de arquivos sobre espécies
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* Um conjunto de arquivos sobre amostragem (não serão tratados neste guia)
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Este conjunto de arquivos TXT, por sua vez, possui dois tipos de arquivos: o "núcleo" (core) e as "extensões" (extension).
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O que define se os dados no arquivo DwC-A são sobre espécies ou sobre ocorrências destas espécies é o seu núcleo, ou core. Se houver um arquivo "taxon.txt" dentro do arquivo ZIP, este conjunto de dados é sobre espécies - na maioria das vezes um checklist ou lista de espécies; se houver um arquivo "ocurrence.txt" dentro do arquivo ZIP, este conjunto de dados é sobre a ocorrência de espécies - geralmente dados de exsicatas de herbário ou coleções científicas.É importante notar também que as extensões (os outros arquivos TXT que não o taxon.txt nem o occurrence.txt) são dependentes do núcleo. Ou seja, caso o conjunto de dados seja sobre espécies (com o núcleo taxon.txt), os demais arquivos TXT serão sobre características destas espécies, por exemplo, seus nomes vulgares. Caso o conjunto de dados seja sobre ocorrências (com o núcleo ocurrence.txt), os demais arquivos TXT terão dados adicionais sobre estas ocorrências, por exemplo, o link para a imagem da exsicata ou do indivíduo na coleção.
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Conjunto de dados sobre espécies
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### Conjunto de dados sobre espécies
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Vamos usar como exemplo aqui os arquivos de dados da Flora e Funga do Brasil, disponíveis neste link do IPT.
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O arquivo DwC-A disponível na página do recurso no IPT terá o nome "dwca-lista_especies_flora_brasil-vXXX.XXX.zip", onde "XXX.XXX" será correspondente ao número da versão do arquivo.
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Dependendo do recurso - a base de dados que o arquivo DwC-A representa - o IPT pode gerar, periodicamente, novas versões do arquivo DwC-A, que acompanham a atualização da base de dados. No exemplo da Flora e Funga do Brasil, um novo arquivo é gerado semanalmente, e as versões anteriores também continuam disponíveis para download e referência.
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Ao abrir o arquivo ZIP, você vai encontrar os seguintes arquivos:
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| Arquivo | Categoria | Descrição |
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| --- | --- | --- |
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| eml.xml | Metadados | Arquivo que descreve o conjunto de dados. Ele segue o padrão Ecological Metadata Language (EML) |
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| meta.xml | Metadados | Arquivo que descreve o conteúdo do arquivo "núcleo" e dos arquivos de extensão |
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| taxon.txt | Núcleo | Arquivo que contêm a lista das espécies com outros dados (p.ex. hierarquia taxonômica, status nomenclatural, etc.) |
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| distribution.txt | Extensão | Arquivo que contém dados sobre a distribuição das espécies listadas no arquivo "taxon.txt" |
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| reference.txt | Extensão | Arquivo que contém dados sobre a distribuição das espécies listadas no arquivo "taxon.txt" |
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| resourcerelationship.txt | Extensão | Arquivo que contém dados sobre relação entre os nomes das espécies listadas no arquivo "taxon.txt". Neste exemplo, contem dados sobre o tipo de sinonímia |
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| speciesprofile.txt | Extensão | Arquivo que contém dados adicionais das espécies listadas no arquivo "taxon.txt", Neste exemplo, estão listados dados sobre a "forma de vida" e "habitat" |
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| typesandspecimen.txt | Extensão | Arquivo que contém dados sobre os typus das espécies listadas no arquivo "taxon.txt" |
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| vernacularname.txt | Extensão | Arquivo que contém dados sobre nomes vulgares das espécies listadas no arquivo "taxon.txt" |
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> ⚠️ Dependendo do recurso - a base de dados que o arquivo DwC-A representa - os arquivos de extensão podem variar.
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Arquivo
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Categoria
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Descrição
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eml.xml
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Metadados
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Arquivo que descreve o conjunto de dados. Ele segue o padrão Ecological Metadata Language (EML).
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meta.xml
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Metadados
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Arquivo que descreve o conteúdo do arquivo "núcleo" e dos arquivos de extensão.
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taxon.txt
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Núcleo
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Arquivo que contêm a lista das espécies com outros dados (p.ex. hierarquia taxonômica, status nomenclatural, etc.)
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distribution.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados sobre a distribuição das espécies listadas no arquivo "taxon.txt"
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reference.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados sobre a distribuição das espécies listadas no arquivo "taxon.txt"
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resourcerelationship.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados sobre relação entre os nomes das espécies listadas no arquivo "taxon.txt". Neste exemplo, contem dados sobre o tipo de sinonímia
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speciesprofile.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados adicionais das espécies listadas no arquivo "taxon.txt", Neste exemplo, estão listados dados sobre a "forma de vida" e "habitat"
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typesandspecimen.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados sobre os typus das espécies listadas no arquivo "taxon.txt"
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vernacularname.txt
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Extensão
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Arquivo que contém dados sobre nomes vulgares das espécies listadas no arquivo "taxon.txt"
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Dependendo do recurso - a base de dados que o arquivo DwC-A representa - os arquivos de extensão podem variar.
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No caso dos arquivos DwC-A que representam a Flora e Funga do Brasil, disponíveis no IPT do JBRJ, é importante destacar que nem todos os dados disponíveis no Sistema Online da Flora e Funga do Brasil estão disponíveis no seu arquivo DwC-A.
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Conjunto de dados sobre ocorrências
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### Conjunto de dados sobre ocorrências
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Vamos usar como exemplo aqui os arquivos de dados do Herbário do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro (exsicatas), disponíveis neste link do IPT.
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O arquivo DwC-A disponível na página do recurso no IPT terá o nome "dwca-jbrj_rb-vXXX.XXX.zip", onde "XXX.XXX" será correspondente ao número da versão do arquivo.
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Ao abrir o arquivo ZIP, você vai encontrar os seguintes arquivos:
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